Das BIGO dient der Messung von In-situ-Flüssen und biogeochemischen Umsätzen am Meeresboden und enthält zwei runde Flusskammern (Innendurchmesser 28,8 cm, Fläche 651,4 cm2). Einige Stunden nachdem BIGO auf dem Meeresboden platziert wurde, werden die Kammern langsam in das Sediment eingefahren. Während dieses anfänglichen Zeitraums, in dem der Boden der Kammern noch nicht durch das Sediment bedeckt ist, wird das Wasser in der Strömungskammer weiterhin mit umgebenden Bodenwasser ausgetauscht. Nachdem die Kammern in das Sediment eingefahren wurden, wird der Wasserkörper innerhalb der Kammer ein weiteres Mal mit Bodenwasser ausgetauscht, um Stoffe auszuspülen, die während des Kammereinfahrens eventuell aus dem Sediment freigesetzt wurden.
Um die Flüsse von z.B. Methan, O2, NO3-, NO2-, NH4+ und anderen gelösten Stoffen zu verfolgen, werden 8 Wasserproben sequentiell mittels eines Probennehmers (bestückt mit Glasspritzen) aus dem überstehenden Wasser in der Kammer entnommen. Die Spritzen sind mit der Kammer über Vygonschläuche erbunden. Zur Beprobung des umgebenden Bodenwassers wird ein zusätzlicher Spritzenprobennehmer (bestückt mit acht Glasspritzen) eingesetzt. Zusätzlich kann ein Gasaustauschsystem zur Kontrolle der O2-Verfügbarkeit und ein System zur Entnahme vergifteter Wasserproben für mikrobiologische Untersuchungen eingebaut werden.
Alternativ werden für die Beprobung von Gasen, wie z. B. pCO2, N2 und Ar mittels einer Peristaltikpumpe aus jeder Kammer vier Wasserproben in Glasröhren anstelle der Glasspritzen geleitet. Zur Beprobung des umgebenden Bodenwassers wird eine weiteres Set von vier Glasröhren eingesetzt.
O2 wird innerhalb der Kammern und im umgebenden Bodenwasser mit Optoden (Aanderaa; Pyroscience) gemessen, die vor jedem Landereinsatz kalibriert werden. Während des BIGO-Einsatzes werden die Sedimente für weitere biogeochemische Porenwasser- und Festkörper-Analysen, biologische und mikrobiologische Studien und In-situ-Experimente geborgen. Zusätzlich kann ein akustisches Modem für die Positionierung und den Datentransfer eingesetzt werden.